Los que encontramos de manera natural en ciertos alimentos.
Hay ciertas plantas que se sabe que tienen propiedades funcionales; unas alivian malestares de enfermedades, reducen el riesgo de padecerlas y otros literalmente curan ciertas condiciones.

Entre las más conocidas se encuentran: el cilantro, el perejil, el jengibre, la hierba de San Juan, la hierba del sapo, el ginsen, el ginko biloba, entre muchas otras.

Los que naturalmente ofrecen sólo ciertos beneficios nutrimentales y han sido modificados o adicionados con sustancias funcionales:

Los alimentos de este tipo son reconocidos porque llevan un sello de aprobación del Ministerio de Salud y Bienestar por parte del gobierno japonés, por la FDA (Food and Drug Administration) en Estados Unidos y en Europa por diferentes estudios llevados a cabo por el ILSI (Internacional Life Sciences Institute) 
En Europa al igual que en muchos paises no se encuentra bien definido y por lo tanto no es aceptado el término

Básicamente estos alimentos además de tener un adecuado contenido nutrimental, contienen agentes benéficos ya que desempeñan una o varias funciones en el organismo, mejoran el estado de salud y pueden reducir el riesgo de padecer ciertas enfermedades. En realidad estos alimentos por su olor, aspecto y sabor son semejantes a los tradicionales, pero se les ha modificado de alguna manera en su composición para que ofrezcan determinadas ventajas en el organismo.

Su rango de beneficios va desde ácidos, grasas y otros componentes encontrados en alimentos tales como aguacates, jitomates o granos de cocoa, o productos fabricados que se les han agregado elementos funcionales, por ejemplo a yogures, leche y jugos.

¿Cómo se clasifican? 

1. Alimentos enriquecidos, adicionados, fortificados: estos están pensados para aminorar de alguna manera las carencias nutritivas más comunes como la falta de calcio, de hierro, insuficiente aporte de yodo, por ejemplo  la sal enriquecida con yodo.

Es importante aclarar, que este grupo de alimentos no pertenecen al grupo de alimentos funcionales, pero es importante hacer mención de éstos. Un elemento muy importante a considerar es que hay que tener cuidado con algunos de estos alimentos pues algunos como cereales industrializados en el momento de su elaboración, pierden muchas propiedades que son adicionadas en la parte final de proceso. Mientras que otros se les adiciona tantas vitaminas (como por ejemplo las vitaminas que no son fácilmente eliminadas del organismo) que al consumir un exceso de este alimentos, puede resultar más dañino que benéfico por su toxicidad.

2. Los alimentos probióticos. Estos alimentos contienen abundantes microorganismos vivos del mismo tipo de los que habitan en el intestino, ellos desarrollan un papel funcional para la salud del organismo. Entre sus propiedades importantes están las de interactuar con el sistema inmune para crear importantes barreras contra el desarrollo de virus y gérmenes, causan acciones de defensa y degradación de sustancias tóxicas.  Por  ejemplo,  los lactobacilos presentes en el yogurt, los cuales tienen la función de mejorar el transito gastrointestinal.

3. Los alimentos prebioticos son sustancias no digestibles y que resultan fermentables y que por lo tanto ayudan a al desarrollo selectivo de algunas cepas bacterianas especificas, son ejemplos de estos: almidón, inulina, fibras dietéticas que pueden ser añadidos a los alimentos y bebidas.

4. Las combinaciones de alimentos. En esta clasificación entran los alimentos que al momento de cocinarlos se combinan con otros ingredientes aumentado el valor nutrimental y funcional de la comida, por ejemplo: frijoles con epazote aportan vitamina K, espinacas con limón que además de aportar más vitamina C, hace que el hierro de la espinaca sea más asimilable, etc.